n-3 系脂肪酸には食用調理油由来の α リノレン酸と魚由来のエイコサペンタエン酸 (EPA), ドコサペンタエン酸 (DPA) およびドコサヘキサエン酸 (DHA) などがあります．これらの脂肪酸は生体内で合成できず，欠乏すると皮膚炎を発症します．n-3 系脂肪酸の生理作用は n-6 系脂肪酸と競合するだけでなく独自の作用をも持つため，独自の摂取基準を設定しました．
乳児
0-5 ヶ月児の目安量は母乳中の n-3 系脂肪酸濃度 1.16 g/L に基準哺乳量 0.78 L/d を乗じて 0.9 g/d に設定しました．6-11 ヶ月児の目安量は 0-5 ヶ月児の目安量と平成 22 年および 23 年の国民健康・栄養調査に基づく 1-2 歳児の摂取量の中央値との平均値 0.8 g/d に設定しました．
小児・成人
平成 22 年および 23 年の国民健康・栄養調査における n-3 系脂肪酸の総摂取量の中央値を目安量に設定しました．
妊婦・授乳婦
平成 19 年から 23 年までの国民健康・栄養調査に基づく妊婦・授乳婦の n-3 系脂肪酸摂取量の中央値 1.8 g/d を目安量に設定しました．
α リノレン酸
α リノレン酸と心血管疾患との間には弱い負の相関が報告されており，1 g/d のα リノレン酸摂取量の増加は心筋梗塞による脂肪を 10 % 減少させます．しかし日本人を対象とした十分な研究がないため，目標量は設定しませんでした．その他，前立腺がんのリスク，卵子機能との負の関連および妊娠可能性の低下の可能性など指摘されていますがいずれも確定したものではなく，α リノレン酸多量摂取の長期間の影響は分かっていません．
EPA および DHA
EPA および DHA と冠動脈疾患との関連についてのメタ解析の結果は一致していません．日本人を対象とした研究には JPHC, JACC 研究，JELIS などがあります．日本人における脳卒中への介入試験には JELIS があり，一次予防効果はなく二次予防効果のみ認められています．乳がんコホート研究のメタ解析，結腸直腸がんコホート研究のメタ解析でのリスク減少の報告があります．日本人では JPHC 研究において近位大腸がんのリスク減少および肝がん罹患の減少が報告されています．認知症やうつ病については n-3 系脂肪酸との関連は分かっていません．
魚には水銀，カドミウム，鉛やスズなどの重金属，PCB やダイオキシンなどの有害物質も含まれ，これらの有害物質については別の基準があります．そのため食事摂取基準では有害物質については考慮していません．
n-3 系脂肪酸のうち α リノレン酸については 2010 年版では目標量が設定されていましたが 2015 年版では目標量は設定されていません．また EPA および DHA については 2010 年版では 18 歳以上において 1g/d 以上の摂取を推奨していましたが，2015 年版では目標量は設定されていません．
n-3 系脂肪酸の食事摂取基準の 2015 年版および 2010 年版は下表のとおりです．
| 性別 | 男性 | 女性 |
|---|---|---|
| 年齢 | 目安量 | 目安量 |
| 0-5 M | 0.9 | 0.9 |
| 6-11 M | 0.8 | 0.8 |
| 1-2 | 0.7 | 0.8 |
| 3-5 | 1.3 | 1.1 |
| 6-7 | 1.4 | 1.3 |
| 8-9 | 1.7 | 1.5 |
| 10-11 | 1.7 | 1.4 |
| 12-14 | 2.1 | 1.8 |
| 15-17 | 2.3 | 1.7 |
| 18-29 | 2.0 | 1.6 |
| 30-49 | 2.1 | 1.6 |
| 50-69 | 2.4 | 2.0 |
| 70- | 2.2 | 1.9 |
| 妊婦 | 1.8 | |
| 授乳婦 | 1.8 |
| 性別 | 男性 | 女性 | ||
|---|---|---|---|---|
| 年齢 | 目安量 (g/d) | 目標量 (% energy) | 目安量 (g/d) | 目標量 (% energy) |
| 0-5 M | 0.9 | 0.9 | ||
| 6-11 M | 0.9 | 0.9 | ||
| 1-2 | 0.9 | 0.9 | ||
| 3-5 | 1.2 | 1.2 | ||
| 6-7 | 1.6 | 1.3 | ||
| 8-9 | 1.7 | 1.5 | ||
| 10-11 | 1.8 | 1.7 | ||
| 12-14 | 2.1 | 2.1 | ||
| 15-17 | 2.5 | 2.1 | ||
| 18-29 | ≤ 2.1 | ≤ 1.8 | ||
| 30-49 | ≤ 2.2 | ≤ 1.8 | ||
| 50-69 | ≤ 2.4 | ≤ 2.1 | ||
| 70- | ≤ 2.2 | ≤ 1.8 | ||
| 妊婦 | 1.9 | |||
| 授乳婦 | 1.7 | |||